La guerre dans la partie du Sahara qui s’étend de la Tunisie à l’Égypte dura 3 ans, de l’été 1940 à mai 1943. Elle mit aux prises dans un premier temps l’armée italienne et l’armée britannique qui reçut le modeste renfort des Forces françaises libres. En février 1941, le général allemand Rommel débarquait en Libye à la tête de l’Afrika Korps. Défaites et victoires se succédèrent de part et d’autre jusqu’à ce que le général Rommel lance une offensive majeure qui allait conduire ses troupes à moins de 150 kilomètres d’Alexandrie en Égypte.

La bataille décisive eut lieu à El Alamein en Égypte entre le 23 octobre et le 3 novembre 1942. Défaites, les armées allemande et italienne battirent en retraite jusqu'en Tunisie, poursuivies par les Britanniques qui firent alors jonction avec d'autres troupes alliées venues d’Algérie. L'offensive finale eut lieu en mai 1943 provoquant la capitulation des armées italienne et allemande.

La participation des Français libres à la guerre dans le désert de Libye demeure connue grâce à un nom : Bir Hakeim. Au printemps 1942, lors de l’offensive des armées italienne et allemande, les 3 600 soldats de la 1ère brigade française libre furent chargés de tenir Bir Hakeim, point d’appui méridional de la ligne de défense anglaise en Libye. Cette unité réunissait un bataillon de fusiliers-marins, des volontaires venus d’Océanie avec le bataillon du Pacifique, des légionnaires de la 13e demi-brigade et des soldats africains répartis entre le bataillon de marche n°2 de l’Oubangui et le 1er régiment d’artillerie coloniale. Ils résistèrent pendant deux semaines aux assauts des blindés et aux raids d’aviation avant d’échapper à leur encerclement dans la nuit du 9 au 10 juin. La bataille fut meurtrière : plus d’un soldat sur trois était porté disparu, avait été tué ou était blessé.

La bataille de Bir Hakeim s’achevait pour les Français libres par la retraite mais leur résistance opiniâtre durant ces deux semaines avait donné un répit aux Britanniques pour reconstituer leur défense en Égypte. Bir Hakeim fut la première contribution militaire d’importance des Forces françaises libres. Elle fut pour beaucoup dans la reconnaissance politique par les Alliés du Comité national de la France combattante.