Le décret du 1er septembre 1939 ordonnait la mobilisation générale en métropole et dans les territoires de l’Empire. En Afrique du Nord, les autorités militaires nourrissaient quelques inquiétudes.

Le mouvement indépendantiste le plus important en Algérie, le Parti populaire algérien (PPA) de Messali Hadj avait, les années précédentes, appelé les Algériens à refuser la conscription et les soldats indigènes à la désertion. Des militants allèrent jusqu’à prôner une alliance avec les nazis et prirent contact avec eux.

Le 26 août 1939, le PPA fut interdit. Quelques semaines plus tard, Messali Hadj était jeté en prison avec des dizaines de ses partisans. Le mouvement plongeait dans la clandestinité. Il aurait pu tenter de poursuivre sa propagande antimilitariste mais il ne le fit pas. La répression qui le frappait n’était pas la seule explication de son silence.

Les principaux leaders indépendantistes, de Casablanca à Tunis, exhortèrent, pendant toute la durée de la guerre, leurs partisans à ne pas rejoindre le camp de l’Allemagne. Pour bien des militants nationalistes du Maghreb, la marche vers l’indépendance était comme suspendue devant la gravité des événements. Cette attitude, apparemment ambiguë, était d’abord une manifestation de prudence. Le désir d’une indépendance lointaine pouvait s’allier avec la défense immédiate de la France.

Des personnalités, comme Ferhat Abbas, se portèrent volontaires. Le futur président du Gouvernement provisoire de la république algérienne affirmait vouloir se « consacrer tout entier au salut de la nation dont dépend notre avenir ». « Si la France démocratique cessait d’être puissante, écrivait-il dans le journal l’Entente, notre idéal de liberté serait à jamais enseveli ».

En définitive, « la mobilisation ne donna lieu à aucun trouble grave », notait l’État-major de l’armée. 200 000 soldats étaient sous les drapeaux à la déclaration de guerre. Au printemps 1940, ils étaient un peu plus de 400 000.

Les forces militaires présentes en Afrique du Nord avaient non seulement à défendre le Maghreb, elles devaient aussi fournir des renforts pour le front en France. La défense de la patrie étant prioritaire, quelques-unes des meilleures unités nord-africaines, soit près de 60 000 soldats, furent envoyées en métropole durant l’automne 1939. Ces départs furent en partie compensés par des troupes venues d’Afrique noire.

Au printemps 1940, l’imminence de la bataille approchant, la France réclama à nouveau des renforts : au mois d’avril, 20 000 Nord-Africains et 7 000 tirailleurs sénégalais étaient prélevés dans différentes unités cantonnées au Maghreb pour être transférés en France. En mai puis en juin, trois divisions d’infanterie algérienne embarquaient à Bizerte suivies de deux régiments de tirailleurs tunisiens.

Ces transferts répétés eurent pour conséquence de dégarnir les fronts en Afrique du Nord. Ainsi en Tunisie, au début de 1940, 6 divisions françaises faisaient face à 8 divisions italiennes déployées en Libye, colonie de l’Italie fasciste. Les prélèvements successifs n’avaient laissé en juin 1940 que trois divisions. Trois régiments de tirailleurs sénégalais faisaient partie des unités demeurées sur place. La majeure partie des troupes était concentrée dans le sud près de la frontière libyenne.